在司法实践中，由于犯罪嫌疑人、被告人的刻意隐瞒、证据不足、认识错误等原因，无论是在侦查阶段、审查起诉阶段、法院审理阶段、还是刑罚执行期间或刑罚执行完毕之后，都有可能发现漏罪的存在。如何妥善处理发现漏罪的问题，涉及到司法公正、合法权益保护等方面，需要在不同阶段采取相应的处理措施。
发现是指公安机关通过自行侦查、接受他人检举揭发或犯罪分子自首等方式知道犯罪分子还有其他罪行的情况。一般来说，发现时间以公安机关刑事立案的时间为准。然而，如果公安机关在确定犯罪嫌疑人的时间滞后于知道犯罪事实的时间，那么以公安机关确定犯罪嫌疑人时间为发现时间。
漏罪则是指在前罪判决宣告以前实施的罪行，与《刑法》第七十一条规定的“实施于判决宣告以后，刑罚执行完毕以前的新罪”相区别。漏罪可以是同种罪行，也可以是异种罪行。此时间限制主要是为了界定漏罪与刑罚执行完毕后新犯罪之间的关系。
若漏罪发现在侦查阶段，一般由最初侦查前罪的机关管辖。如果漏罪和前罪有不同的管辖机关，根据情况可以进行合并侦查，或根据便宜主义原则指定机关负责侦查。这取决于案件的性质和难易程度。
若在审查起诉阶段发现漏罪，检察机关可以根据情况补充侦查和补充起诉，或者将案件退回补充侦查。如果漏罪的侦查需要较长时间，可以在已查清部分的基础上先行移送审查起诉，待漏罪部分查清后再补充移送。
若在刑罚执行阶段发现漏罪，应将前罪与漏罪进行数罪并罚。具体来说，就是根据《刑法》第七十条先将前后两个判决所判处的刑罚相加，然后根据第六十九条的规定，在总和刑期以下、数刑中最高刑期以上，酌情决定执行的刑期，最后再减去已经执行的刑期。这种处理方法实质上是先将不同判决下的刑罚进行合并，然后再考虑已经执行的刑期，确保新判决下的刑罚是公正合理的，不会因为新发现的罪行而造成不必要的过重刑罚，也不会让罪犯因为已经执行过的刑期而受到不公正的待遇。
在实际情况中，也存在一些特殊情形。例如，有人主张如果在漏罪判决作出时前罪原判刑罚已执行完毕，就不再数罪并罚。这种观点认为《刑法》第七十条中的“刑罚执行完毕以前”应限定在前罪判决宣告之前，而不是判决宣告之后，因此不适用数罪并罚的政策。然而，这种观点的争议较大，刑法主流观点认为第七十条中的时间限定是用来限定“发现”的时间，而不是限定漏罪判决宣告时间的，因此应依照刑法规定将前后两次判决的刑罚先并后减，以保持法律的一致性和公正性。
另一种情形是刑罚执行完毕后才发现漏罪。在这种情况下，漏罪无法适用《刑法》第七十条，而应根据法律规定单独定罪量刑，不与前罪判决并罚。这种情况通常发生在犯罪分子在前罪判决后，改造期间未如实交代全部罪行，因此不应享受先并后减的优待政策。如果漏罪没有超过追诉期，则对漏罪单独定罪量刑。这种处理方法能够维护刑法的公正性和严肃性，防止犯罪分子逃避法律制裁的侥幸心理。
发现漏罪的处理问题既涉及到犯罪分子的权益保护，也关乎社会秩序的维护。司法机关在处理这一问题时，需要在权益保护和刑罚合理性之间取得平衡，确保刑罚的公正、合理执行。通过合理的数罪并罚原则、司法平衡的体现、权益保护与刑罚合理性的结合，以及司法公正的体现，才可以建立一个更加公正、合理、有力的法治体系，维护社会的稳定和发展。
