1. 进仓报关：保税仓库货物进境入仓时，除易制毒化学品、监控化学品、消耗臭氧层物质外，免领进口许可证件。如果仓库主管海关与进境口岸不是同一直属海关的，按转关方式来办理，可以按“提前报关转关方式”申报，也可以按“直转转关方式”申报。
2. 出仓报关：货物出口时，凭保税仓库签发的提货单、配舱回单、白卡和相关资料到保税区海关办理出口报关手续（整箱需提供箱号），保税区海关受理后会制作关封，并将相关信息输入保税区电脑系统。保税仓库在收到海关出区确认信息后，即可打印保税货物出区凭单。货物出保税区卡口时，凭出区凭单办理加封手续，并仍需海关许可的车辆运输。货物运抵口岸，口岸海关凭保税区海关关封办理验放手续，并在配舱回单上加盖放行章，口岸加盖放行章的配舱回单办理货物装运出口。
3. 延期处理：保税仓库存储货物的期限为1年，特殊情况经批准可以延长的最长期限不超过1年。特殊情况下，延期后货物存储期超过2年的，由直属海关审批。
4. 货物监管：保税仓库的货物在存储期间，必须接受海关的监管。这包括定期的库存盘点、货物检查等。如果发现货物有损坏、丢失或者超过保质期等情况，保税仓库需要及时向海关报告，并按照规定进行处理。
5. 货物转移：保税仓库的货物在存储期间，可以根据需要进行转移。但是，这种转移必须经过海关的批准，并且需要按照规定的程序进行。例如，如果要将货物转移到另一个保税仓库，需要提交相关的申请和证明文件，经过海关的审核批准后，才能进行转移。
6. 货物销毁：如果保税仓库的货物因为各种原因无法继续存储，需要进行销毁处理，也需要向海关报告，并经过海关的批准。销毁过程中，需要确保货物被完全销毁，不能有任何残留。
7. 违规处理：如果保税仓库违反了海关的规定，例如未按规定进行报关、未按规定进行货物管理等，海关有权对其进行处罚。处罚的方式包括罚款、暂停或取消其保税仓库的资格等。
8. 信息更新：保税仓库需要定期向海关更新其存储的货物信息，包括货物的种类、数量、价值等。这些信息将用于海关对保税仓库的监管和管理。
9. 税务处理：保税仓库的货物在出口时，可以享受免税或者减税的政策。但是，这需要按照海关的规定进行操作，例如需要在规定的时间内完成报关手续，提供相应的证明文件等。
